Pertama-tama cari tahu upstream mana yang melambat dengan melihat file log kesalahan nginx dan sesuaikan waktu baca sesuai dengan isi dari log nya. 

kasus saya, fastCGI

#tail -f /var/log/nginx/error.log

2024/05/21 10:34:03 [error] 16559#16559: *14381 upstream timed out (110: Connection timed out) while reading response header from upstream, client:xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php/php7.4-fpm.sock", host: "xxxxxxxxxxxxxxx", referrer: "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
Jadi saya harus menyesuaikan fastcgi_read_timeout di konfigurasi server saya
 location ~ \.php$ {
     fastcgi_read_timeout 300;
     ...
 }

alternatif / opsional jika masih kena timeout.
 location ~ \.php$ {
 fastcgi_read_timeout 240;
proxy_read_timeout 3600;
fastcgi_buffers 16 16k;
fastcgi_buffer_size 32k;
     ...
 }
#ngxin -t
#systemctl restart nginx
#cd /etc/php/7.4/fpm/pool.d
#nano www.conf
tambahkan ini 
request_terminate_timeout = 300
Simpan lalu restart php-fpm nya
#systemctl restart php7.4-fpm
#tail -f /var/log/nginx/error.log

Error upstream nya udah gk muncul lagi, coba di test lagi dari sisi apps nya jika masih 
muncul error upstream berarti perlu dianikin angka read_timeout nya.